コラボエピソード「乱歩邸殺人事件」は、劇場版「名探偵コナン 100万ドルの五稜星（みちしるべ）」にも参加した大倉崇裕が脚本を執筆。旧江戸川乱歩邸が物語の舞台となり、江戸川乱歩をめぐる難事件が発生する。小林先生の引率で乱歩邸を訪れた少年探偵団。江戸川乱歩が書庫として使用していた土蔵には貴重な本が大量にあり、コナンたちは大興奮だったが、そこへやってきた佐藤刑事と高木刑事に近くの公園で殺害事件が発生したことを告げられる。事件の被害者の遺留品は普段公開していない土蔵に関係しているという。